En otro mundo, el homónimo Black Rock Shooter lucha contra un misterioso oponente de ojos rojos. Mientras tanto, en el mundo humano, Mato Kuroi ingresa a la escuela secundaria y se interesa por su compañera de clase, Yomi Takanashi. Los dos rápidamente se hacen amigos debido a su afición común por un libro de su infancia. Después de invitar a Mato a su casa, Yomi se preocupa cuando Kagari Izuriha, una niña en silla de ruedas que quiere mantener a Yomi sola, llega y actúa con hostilidad hacia Mato, lo que la asusta. Mientras tanto, en el otro mundo, Black Rock Shooter sigue un sendero verde hacia un páramo lleno de juguetes rotos donde es atacada por una niña que se parece a Kagari llamada Chariot. Después de hablar con la consejera estudiantil, Saya Irino, Mato renueva su determinación de hacerse buena amiga de Yomi y la invita a ir a un festival con ella.